本片根据松本零士的经典科幻漫画改编。或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角(jiǎo )落的人类返回故土地(dì )球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地(dì )球这片圣地，人类制定了盖亚(yà )制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克(kè )却背叛盖亚(yà )制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。联合舰队(duì )长官伊(yī )索拉(lā )指使自己的弟弟亚马混入阿尔卡迪亚号，探寻尼伯(bó )龙根人发明的永动机的秘密(mì )。在此期间，哈洛克率领船员向地球挺近，而联合舰..